Bilim süper şey lan

Şimdi, diyelim ki DNA sentezlemek istiyorsun. Ama hücre dışı biraz zor oluyor. DNA replikasyonunda görevli onyüzbinmilyon maddeyi deney tüpüne koymuyorsun -çok zahmetli çünkü. Fakat bu sefer garip koşulları olan bir ortam oluşuyor. Mesela DNA'nın iki zincirinin birbirinden ayrılması için 92 dereceye çıkartman gerekiyor. -DNA epey sağlam bir yapı (şırıngadan geçirdiğinizde minnak parçalara ayrılan fiziksel yapıya ve 92 dereceye bile dayanan kimyasal yapıya sahip. [karşılıklı bazları bağlayan Hidrojen bağı yüzünden bu kadar ısıyı emebiliyor. Guanin ve Sitozin arasında 3 tane hidrojen bağı var, öyleyse G-S zengini DNAlar daha sağlam olur]).

Hücre dışı ortamında -in vitro deniliyor- bu yardımcı maddeler arasında elzem birine ihtiyacın var; enzim.

(Bilgi tazelemece; enzimler reaksiyonları gerçekleşmesi için ihtiyaç duyduğumuz moleküllerdir ayrıca süper yüksek ısı gerektiren reaksiyonları makul seviyeye indirirler. Bilgi 2; enzimler genelde 40 derece üstünde bozulur ve bir daha çalışmaz)

DNA sıcaklık düşürüp-arttırınca birleşip-ayrılabiliyor. Öyleyse bunun için enzime gerek yok. Yeni DNA zinciri oluşturmak için elinde primerlerin var (böyle bir kaç baz -adenin, guanin, sitozin, timin- yanyana duruyor. DNA'nın tek zincirinin mini minnacık parçası olarak düşün) primerlerden kalan boşluklar için nükleotidlerin falan var. Fakat bu primerlerin birbiri ardına gelmesini ve esas ipliğe bağlanmasını sağlamak için enzime ihtiyacın var -ısıyla bişeyle olmuyor o.

İyi tamam, enzim koyalım. Polimeraz var bunun için. Polimerazı koyduk. DNAyı 90 derecede açtık, sonra dereceyi düşürdük (çünkü yüksek derecede zincirin açılmasına neden olan şey -ısılar, bağlar falan- primerlerin zincire bağlanmasını da engelliyor.). Tepkime ilerliyor mu, hayır. Çünkü içine koyduğumuz enzim 90 derecede bozuldu (denatüre). Öyleyse tekrar enzim koyup tekrar devam edelim. İn vitroda DNA sentezi 50 derecenin altına hiç düşmüyor ki -hiç rastlamadım- o enzim yine bozulcak. Ne yapmalı?

40 derecenin üstünde havale geçirince kalıcı hasar oluşmasının sebebi bu enzimlerin bozulması olayı. Peki yüksek ısılarda yaşayan canlılar yok mu? Çöl? Geç onu, hayvanlar o ısıyı hissetmemek için türlü savunma geliştirmiş. Hayvanlar zaten olmaz. Çok özelleşmişler. Yaşayabildikleri ortam belli. Daha ilkel bişey gerek. Bakteriler? En yüksek ısıda hangi bakteri yaşıyor? Gayzer gibi süper sıcak ortamda yaşayan bakteri bulmuş bilimin süper insanları. Adına Thermus aquaticus demişler. Başka kimselerin yaşayamadığı çok rahatsız (stresi bol) ortamda yaşayabilen Deinococcus-Thermus bakteri sınıfına aitlermiş. 50 derecenin altında ölen bu bakteriler sıcakta çoğalabilirlermiş (DNA replikasyonu gerçekleşiyor demek ki), peki nasıl?

Thermus aquaticus, polimeraz için kendine has bir enzim geliştirmiş. Bu enzim suyun kaynama derecesine ulaştığı halde bozulmuyormuş. Thurmus beyler hanımlar pek mutlu hayatlarına devam ediyormuş.

"E kullanılalım biz bunu!"

Bilimin güzide insanları almışlar enzimi bakteriden. İn vitro ortamda denemişler. 90 dereceyi aşmışlar, düşmüşler, tekrar aşmışlar, tekrar düşmüşler (20-30 kez tekrarlanıyor bu işlem), replikasyon devam ediyor. Enzime bişey olmamış.

E süper bişey bu? Herkesler yararlansın değil mi?

Bakterinin baş harflerini Taq olarak kısaltıyorlar, Taq polymerase enzyme olarak pazarlıyorlar :/ Azcık tuzlu bir fiyata.

-Şimdi aklıma geldi. Enzimin sekansını alsak, kendimiz enzimi yapamaz mıyız? Veya direkt bakteriyi satın alsak? -Hazırı varken ne gerek var.

Labda Taq'ı hep kullandık. Polimeraz olduğunu öğrendim. Fakat böyle bir hikayesi olduğunu bilmiyordum. Zaten DNAnın 90 derecede bozulmadığını öğrenince enzimin o derecede bozulmaması ilgimi çekmemişti, sorgulamamıştım :( Yanlış yapmışım.

Bilim güzel şey.

MIT'nin açık dersleri var iTunes'da. iTunes'dan nefret ediyorum. Geçen yıl Stanford'ın derslerini dinlemek için yüklemiştim. Programı hiç kullanamadım, deli oldum sildim. MIT'nin yüzü suyu hürmetine kullanıcam biraz. Şu link çok güzel, http://www.openculture.com/freeonlinecourses

ODTÜ'nün açık derslerinde biyoloji yok ya. Gıcık. http://ocw.metu.edu.tr/

Sen hiç ateş böceği larvası buldun mu?

Yazın bir gece, rektörlük-yemekhane arası merdivenden geçiyordum. Lambalar ya yoktu ya da çalışmıyormuş. Merdiven ilk birkaç adımdan sonra gözükmüyordu. Yolumu değiştireyim diye düşünmüşken -köpekler çok saldırgan oluyor- karanlığın ortasında, kıpırdamayan yeşil noktalar gördüm! Ateş böceği aklıma geldi bir tek, değilse bile karanlıkta parlayan herhangi bir canlı! Hala heyecanlı (:

Karanlıkta eğildim. Işığı elime almaya çalışıyorum ama, hiçbir şey görmeden! Başka bir canlı olabilir, daha büyük bir şey olabilir, üstelik kaçışmıyor. elimi toprağa daldırıp bir şeyleri elime aldım, yeşil nokta elimde fakat hala ışık yok onun ne olduğunu göremiyorum.

Şöyle bişey bahsettiğim;

Merdivenleri görmeden ezbere çıktım. Işığa yaklaştıkça elimdekinin bildiğim ateşböceği olmadığını ve bir sürü toprak aldığımı gördüm :/

Kanatları nerde bunun?

Larvaymış meğersem. Bir kaç gün boyunca onu beslemeye çalıştım. Sümüklüböcek, salyangoz (ikisi aynı şey değil) ve diğer yumuşakçaları yerlermiş. Etrafta bi tane bile yumuşakça bulamadım iyi mi? Ben de saldım onu dışarı :/

Ateş böceği besleme maceram da böyle bitti.

Karıncaaslanı (Karınca Aslanı?)

Önce arkadaşım öldürüp (o insan ya, bütün böcekler insanları yemeğe programlı ya, her gördüğü böceği öldürmeli ya) kuruttuğu böceği gösterdi, yusufçuk gibi bişey dedim.

Karıncaaslanı, Myrmeleontidae, Bilkent, Ankara

Sonra Acaib-i şunun ne olduğunu soruşturuyordu, yine yusufçuk dedim.

Palpares libelluloides (Linnaeus, 1764) Takım; Neuroptera (Sinirkanatlılar), Aile; Myrmeleontidae (karıncaaslanı) dediler.

Larva halini görsem, ergininin bu olacağını düşünmem. Kum içine tuzak kuruyor. Karıncalar tuzağa düşürüyor ve onları ham yapıyor. O yüzden karıncaaslanı (karınca aslanı?)

Tümbaşkalaşımlı böcekler (Endopterygota)içinde pul kanatlıları, kın kanatlıları, zar kanatlıları biliyordum, sinir kanatlılar ve çift kanatlılar da varmış. Sinekler (Diptera, çift kanatlılar) 2 kanatlı, arılar (zar kanatlıların içindeler) 4 kanatlı, hep karıştırıyorum bunu. 

İmlaya takıldım ben. Karınca aslanı mı, karıncaaslanı mı?

Akreplerin karınlarında tarak varmış, çok hassasmış, karşı cinsi bulabilirlermiş böylece, yeri anlarlarmış. Doğuda gece dışarda yatılcaksa etraflarına yün yayarmış insanlar, akrepler huylanıp kaçsın diye.

İnsecta için anahtar arıyordum oysa ki. Omurgasızlar dersinin (Hacettepe'den yürüttüğüm) notlarında anahtarlar vardı. İnsectayı almamışlar hiç. Çok mu kalabalık geldi ne.

Çıyanlar zehirliymiş. Çıyanlar yayvan olurmuş ve her segmentinden birer çift ayak çıkarmış. Kırkayaklar boru gibi yuvarlak olurmuş, her segmentinden ikişer çift ayak çıkarmış. Zehirli olup olmadığı yazmıyordu. İnternetlerin dediğine göre genelde değillermiş.

Kamçılı akrepler akrep değilmiş, kamçılı akrepmiş.

Böğüler çok şirin.

İngilizce okumaktan çokça sıkılıyorum. İnsecta (böcekler) anahtarı bende yokmuş diyince bir sürü arkadaşım bişeyler yolladı. Hepsi İngilizce, canım okumak istemiyor. Anlamadığımdan değil, yılın 9-10 ayı sadece İngilizce okuyorum, duyuyorum, bazen dinliyorum, konuşuyorum falan. Sıkılıyorum bazen. -Buna rağmen dinlediğim müziklerin büyük çoğunluğu İngilizce, dinlerken söylüyorum bile.-

Geçen gaza geldim genetik çalışmaya başladım. Önümüzdeki dönem genetiğe giriş dersi alıcam. Derslere öncesinde okuyup çalışmadımsa kafamı veremiyorum. Kaset sarıyor ama bant çoktan kopmuş oluyor. Hoca durup bir önceki cümlemi tekrarla dese hebele hübele yaparım :/ Neysem, başlayayım vaktinde dedim -derslerin başlamasına 1 ay kaldı benim en az 7 dersim olacak ki 10 olucak umarım ki, korkarım ki.- sonracığıma nerden başlayayım? Binlerce e-book, hepsi İngilizce. Hangisini kullanıcağımızın pek bir önemi yok, en fazla derste anlatılmayan bişeyi öğrenmiş olurum. Peki hangisini seçtim? Hacettepe'nin ders notlarını açtım, genetiğin tamamını okudum, İngilizce not aldım. İngilizceyi okumak çok sıkıcı geldi :/ Dönem boyunca yapcam onu zaten.

Meyve sineklerini inceledikten sonra, onlar hala baygınken suya -ah morga- atcakmışız onları.

Buraya daha çok şey yazmalıyım.

Seçmeli derslerime karar vermeliyim. Karar vermeliyim, almaya çalışmalıyım, dersimin uymasına bakmalıyım. Çok iş. Lise çok kolaydı ya.